超級“生命樹”草圖問世
信息來源：中國林業(yè)網 發(fā)布日期：2015-09-29 瀏覽次數：4040次
囊括230萬物種 追溯到35億年前
超級“生命樹”草圖問世
從鴨嘴獸到馬勃菌，首張描繪包含230萬種已命名的動物、植物、真菌和微生物的“生命樹”草圖問世了。
生物會隨時間推移衍生出不同分支。在11個機構的通力合作下，生命樹描繪出生物間的關系，一直追溯到35億年前地球上生命起源之時。
多年來，人們已繪制出數以萬計的選定分支的較小的生命樹———有些包含多達10萬個物種。不過，將這些成果融合成囊括所有地球生命的單棵樹在人類歷史上尚屬首次。這樣做的最終結果是形成一個所有人均可使用和編輯的免費網絡資源庫，很像是進化樹的“維基百科”。
主要調查員、杜克大學的卡倫克蘭斯頓說：“這是人類第一次真正嘗試將所有節(jié)點聯系起來。你可以將它看作1.0版?！?.0版生命之樹可在網上瀏覽和下載，網址為https：//tree.opentreeoflife.org。
美國《國家科學院學報》月刊9月18日刊登的一篇文章也對它進行了描述。
進化樹并非只是用來搞清鼴鼠和海牛誰與土豚的親緣關系更近，或是確定黏菌的近親是誰。認清地球上數百萬物種之間的關系有助于科學家研制新藥，提高農作物和牲畜產量，追蹤艾滋病、埃博拉和流感等傳染病的起源和傳播過程。
研究人員并非從零開始建起生命樹的，他們將數以千計已發(fā)布在網上的較小“枝干”拼湊起來，融合成一棵包含所有已命名物種的巨大的“超級樹”。
生命樹的初稿是根據之前發(fā)布的近500棵小型生命樹繪制而成的。
要將來源不同的樹歸入單棵超級樹的枝丫中，最大的挑戰(zhàn)之一便是弄清各物種的名稱變化、別名、常見拼寫錯誤和縮寫。
研究人員寫道：“盡管這項任務艱巨龐雜，生命樹草圖只是我們邁出的第一步。”
在已發(fā)布的生命樹中，只有一小部分有數字版本。針對2000年至2012年100多個期刊上發(fā)表的7500多項生物種族發(fā)展史研究的調查顯示，僅有1/6的研究人員將他們的數據以數字、可下載的形式存儲起來，供其他研究者使用。
絕大部分進化樹以PDF和其他圖像文件形式呈現，無法融入數據庫或與其他進化樹合并。
克蘭斯頓說：“科學家所掌握的生物關系知識和真正能獲得的數字版本之間存在巨大差距。”
因此，生命樹某些部分描繪的關系與專家觀點時有出入。這是因為，即便是網上最熱門的原始基因序列檔案———諸多進化樹繪制的基礎，其包含的DNA數據也不到地球上數以千萬計的物種的DNA數據的5%。
為填補空白，該團隊還研發(fā)了一款軟件，讓研究人員能登錄并更新、改寫這棵生命樹。
生物會隨時間推移衍生出不同分支。在11個機構的通力合作下，生命樹描繪出生物間的關系，一直追溯到35億年前地球上生命起源之時。
多年來，人們已繪制出數以萬計的選定分支的較小的生命樹———有些包含多達10萬個物種。不過，將這些成果融合成囊括所有地球生命的單棵樹在人類歷史上尚屬首次。這樣做的最終結果是形成一個所有人均可使用和編輯的免費網絡資源庫，很像是進化樹的“維基百科”。
主要調查員、杜克大學的卡倫克蘭斯頓說：“這是人類第一次真正嘗試將所有節(jié)點聯系起來。你可以將它看作1.0版?！?.0版生命之樹可在網上瀏覽和下載，網址為https：//tree.opentreeoflife.org。
美國《國家科學院學報》月刊9月18日刊登的一篇文章也對它進行了描述。
進化樹并非只是用來搞清鼴鼠和海牛誰與土豚的親緣關系更近，或是確定黏菌的近親是誰。認清地球上數百萬物種之間的關系有助于科學家研制新藥，提高農作物和牲畜產量，追蹤艾滋病、埃博拉和流感等傳染病的起源和傳播過程。
研究人員并非從零開始建起生命樹的，他們將數以千計已發(fā)布在網上的較小“枝干”拼湊起來，融合成一棵包含所有已命名物種的巨大的“超級樹”。
生命樹的初稿是根據之前發(fā)布的近500棵小型生命樹繪制而成的。
要將來源不同的樹歸入單棵超級樹的枝丫中，最大的挑戰(zhàn)之一便是弄清各物種的名稱變化、別名、常見拼寫錯誤和縮寫。
研究人員寫道：“盡管這項任務艱巨龐雜，生命樹草圖只是我們邁出的第一步。”
在已發(fā)布的生命樹中，只有一小部分有數字版本。針對2000年至2012年100多個期刊上發(fā)表的7500多項生物種族發(fā)展史研究的調查顯示，僅有1/6的研究人員將他們的數據以數字、可下載的形式存儲起來，供其他研究者使用。
絕大部分進化樹以PDF和其他圖像文件形式呈現，無法融入數據庫或與其他進化樹合并。
克蘭斯頓說：“科學家所掌握的生物關系知識和真正能獲得的數字版本之間存在巨大差距。”
因此，生命樹某些部分描繪的關系與專家觀點時有出入。這是因為，即便是網上最熱門的原始基因序列檔案———諸多進化樹繪制的基礎，其包含的DNA數據也不到地球上數以千萬計的物種的DNA數據的5%。
為填補空白，該團隊還研發(fā)了一款軟件，讓研究人員能登錄并更新、改寫這棵生命樹。
